原位雜交技術(shù)還在以下生物領(lǐng)域有應(yīng)用：

生態(tài)學(xué)和環(huán)境科學(xué)：在生態(tài)學(xué)和環(huán)境科學(xué)領(lǐng)域，原位雜交技術(shù)可以用于研究生物與環(huán)境之間的相互作用。例如，通過(guò)標(biāo)記特定基因的探針，可以檢測(cè)環(huán)境中微生物種群的分布和變化，進(jìn)而研究其對(duì)環(huán)境的影響和作用。

進(jìn)化生物學(xué)：在進(jìn)化生物學(xué)領(lǐng)域，原位雜交技術(shù)可以用于研究物種之間的遺傳差異和進(jìn)化關(guān)系。例如，通過(guò)比較不同物種之間基因序列的差異，可以揭示物種之間的親緣關(guān)系和進(jìn)化歷程。

在ISHH，整個(gè)實(shí)驗(yàn)周期是比較長(zhǎng)的，實(shí)驗(yàn)程序也比較繁雜，而雜交在ISHH整個(gè)實(shí)驗(yàn)中可被認(rèn)為是“短兵相接”的一步。雜交前的一切準(zhǔn)備工作如增加組織通透性都是為了在雜交這一步驟中核酸探針能進(jìn)入細(xì)胞或組織與其內(nèi)的靶核苷酸相結(jié)合。因此，雜交是ISHH中關(guān)鍵的而且是重要的一個(gè)環(huán)節(jié)。雜交是將雜交液滴于切片組織上，加蓋硅化的蓋玻片，防止孵育過(guò)程中的高溫（50℃左右）導(dǎo)致雜交液的蒸發(fā)。為保證雜交所需的濕潤(rùn)環(huán)境，可將其放在盛有少量5×SSC或2×SSC（standard saline citrate， SSC）溶液的硬塑料盒中進(jìn)行孵育。雜交液的成分和預(yù)雜交液基本相同，所不同的是加入了標(biāo)記的核酸探針和硫酸葡聚糖。

和其它實(shí)驗(yàn)方法一樣，必須同時(shí)設(shè)對(duì)照試驗(yàn)以證明其實(shí)驗(yàn)結(jié)果特異性。對(duì)照試驗(yàn)的設(shè)置須根據(jù)核酸探針和靶核苷酸的種類和現(xiàn)有的可能條件去選定。ISHH的優(yōu)點(diǎn)是它的高度特異性，它可測(cè)定組織、培養(yǎng)的單個(gè)細(xì)胞或細(xì)胞提取物中的核苷酸含量。應(yīng)用高敏感度的性標(biāo)記cRNA探針在理想的ISHH的實(shí)驗(yàn)條件下檢測(cè)mRNA，其敏感度可達(dá)到20個(gè)mRNA拷貝/每個(gè)細(xì)胞。由于雙鏈DNA的穩(wěn)定性，染色體原位雜交，在用ISHH定位DNA時(shí)很少發(fā)生丟失，降解，其敏感性高到能夠顯示在染色體鋪片上，有時(shí)甚至在組織切片上的單個(gè)基因拷貝。正因?yàn)槿绱?，?duì)ISHH結(jié)果的解釋?xiě)?yīng)持慎重態(tài)度，特別是前人未報(bào)告過(guò)的新發(fā)現(xiàn)。

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